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根椐上述职责，市国土资源局内设13个科（室）。
（一）办公室(3)
组织协调局机关日常工作；负责重要会议的组织、有关文件的起草、文电处理、秘书事务、机要、档案、保密、保卫、接待工作、后勤管理；负责信息综合、新闻宣传报道工作，负责电子政务推广和综合调研工作。
（二）政工科(3)
承担局机关、市辖国土资源分局、局属事业单位的机构编制、人事管理和县（市）国土资源主管部门领导干部双重管理的有关具体工作；组织指导教育培训工作；承办局党组日常工作；承办局科技项目的规划、科技成果的管理、科普推广、对外合作与交流及外事宣传等工作；承担局机关离退休人员管理、服务工作，指导局属事业单位的离退休人员管理、服务工作。
（三）法规信访科(3)
组织起草有关土地、矿产资源、测绘管理的地方规范性文件；监督检查国家、省、市土地、矿产资源、测绘等法律、法规、规章落实和执行情况；组织开展对土地规划、农地转用、土地征（占）用、土地矿产资产处置、土地矿产使用权交易、土地矿产权属确定行为的合法性监督检查；协调有关部门修改与本局有关的政策、法规工作；负责国土资源系统的普法宣传教育；推进国土资源系统依法行政；组织协调行政复议、行政应诉和行政听证的有关工作；负责协调、处理、复查国土资源信访事项；督促检查转办、转送和交办的国土资源信访事项；开展信访调查研究。
（四）综合规划科(2)
编制实施全市土地利用总体规划、矿产资源规划；指导和审核县（市）区、乡（镇）土地利用总体规划、矿产资源规划；组织编制矿产资源保护与合理利用、土地开发整理规划、地质环境、地质勘查、地质灾害防治、测绘管理、城乡建设用地增减挂钩等专项规划；制定实施土地利用年度计划；负责建设项目用地预审。
（五）耕地保护科(3)
承担全市耕地保护和耕地总量动态平衡管理工作，承担耕地保护责任目标考核的相关工作；负责基本农田保护工作，审核基本农田补划方案与确认；编制和审查耕地占补平衡方案，协助编制土地开发整理复垦规划；负责土地整理复垦开发和土地综合治理等项目的选址、立项、评审、验收工作；负责城乡建设用地增减挂钩项目拆旧区土地复垦的管理；负责审核耕地开垦费、土地复垦费并参与征缴工作；负责制定土地开发整理专项资金的使用方案，会同财务审计科监督县（市）区土地开发整理专项资金使用情况；承办报省、市人民政府批准的国有荒山、荒地、滩涂围垦开发的立项、审查工作；承办农业区划相关事项。
（六）建设用地科(3)
承办需报国务院、省人民政府批准的建设用地项目农用地转用和土地征收的审核、报批工作；负责乡（镇）、村集体建设用地审批工作；负责全市集体土地征收补偿标准的制定、修改和信息发布；参与建设项目用地的前期论证、预审工作；指导建设项目征地工作；负责统计和组织发布各类建设用地信息；检查建设用地项目土地利用实施情况；指导县（市）区建设用地管理。
（七）地籍管理科(3)
组织土地资源现状调查、动态监测、地籍权属调查、变更调查及统计；组织实施土地确权、登记、发证和权属纠纷的调处；负责地籍信息系统的建立与管理工作。
（八）地产管理科(2)
拟订市本级国有建设用地使用权出让方案，并按规定组织实施；负责承办市本级国有建设用地划拨供地审批；负责土地资产和土地市场管理监督工作，承办土地资产处置、土地储备方案的审查；指导农村集体非农土地使用权的流转管理，指导基准地价评测；审核评估机构从事土地评估的资格；承担节约集约用地评价；组织编制年度供地计划；对土地市场和地价实施动态监测。
（九）矿产资源储量科(2)
负责实施矿产储量管理办法、标准、规程、规范；管理矿产资源储量的评审、备案、登记和统计工作；负责全市矿业权评估管理；实施矿山储量动态监督管理；负责矿产资源补偿费征收及汇总；承担矿产地储备管理工作、压覆矿产资源管理事项；负责地质资料汇交管理工作；参与编制矿产资源保护和开发利用规划；组织矿产资源形势分析和战略研究。
（十）矿产开发管理科(2)
依法负责采矿权审核登记发证和初审报批；参与编制矿产资源保护和开发利用规划并监督实施；组织拟定并监督实施全市采矿权年度出让计划；参与采矿权市场的监督和管理；对矿产资源开发利用活动进行监督管理；按照省厅要求对矿产资源保护性开采特定矿种进行管理；调处重大采矿权权属争议、纠纷。
（十一）地质环境地质勘查科(3)
编制和实施地质灾害防治规划、地质勘查规划和年度地质灾害防治方案；组织、协调、指导和监督全市地质灾害防治；负责地质环境保护及地质遗迹保护申报、组织、审查和治理工程的预验收工作；组织开展全市矿山地质环境恢复治理验收，负责矿山地质环境影响评估及建设用地危险性评估备案；审查上报地质灾害防治工程勘查、设计、施工监理单位资质；依法实施地质勘查行业管理，监督检查地质勘查资质；编制探矿权设置方案，开展探矿权年度检查，依法进行探矿权审核，监督管理地质勘查活动和探矿权市场；依法调处探矿权属纠纷。
（十二）测绘管理科(2)
编制和组织实施测绘事业发展规划和市级基础测绘年度计划；组织实施基础测绘、国家测绘基准和测绘系统的管理以及行政区域界线测绘和其它重大测绘项目的监管；建立和管理全市基础地理信息系统，负责基础地理信息数据、成果的管理、分发和服务；审核呈报测绘单位资质，规范和监管全市测绘市场；负责永久性测量标志的管理；管理地图的编制、印刷、出版、展示和登载工作；依法查处测绘违法行为，依法保障测绘野外作业的合法权利。
（十三）财务审计科(3)
承担国土资源有偿使用费的管理工作，拟订收益分配制度和使用政策，参与国土资源资源性资产管理和国家出资形成的矿业权权益管理；参与国有土地使用权、探矿权和采矿权价款评估结果审核；拟订部门财务和资产管理规章制度；依法承担国土资源规费征收管理；负责编制部门预决算；负责部门国有资产管理；负责专项资金管理，接受财务、审计、物价等部门的监督检查；负责内部审计工作；负责机关财务管理；负责对市国土资源系统财务工作检查和指导，组织对基层财务人员进行业务指导和培训。
纪检监察机构按有关规定设置。
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